西元7世紀，佛教進入西藏與當地原始宗教——苯教長期鬥爭。西元7世紀時，吐蕃贊普松贊干布分別與尼泊爾、唐王朝聯姻，迎娶了赤尊公主和文成公主，同時也將佛教引入了西藏。雖然當時修建了大昭寺和小昭寺，但這些寺院主要用作王室供養佛像，或者給外來的遊方僧提供落腳地點，寺內實際上並沒有修行的僧侶。
8世紀末，吐蕃達到了其全盛時期。時任贊普的赤松德贊篤信佛教，規定所有藏民必須信奉佛教，他將印度的兩位佛教大師寂護大師和蓮花生大師迎請至西藏弘揚佛法，”調伏群魔-苯教”。蓮花生大師入藏後，利用密法與苯教巫師展開多次鬥爭，每一次打敗苯教巫師，就是藏傳佛教多一分興盛。赤松德贊贊普決定為蓮花生大師等人修建一座寺院。經過蓮花生大師等人的實地勘測，最終選址在靠近吐蕃冬宮的雅魯藏布江北岸興建，並由寂護大師設計出了建設方案。據《桑耶寺志》記載，762年，赤松德贊贊普親自為寺院舉行奠基，此後在蓮花生大師的主持下，經過長達十二年時間的建造，到775年終告落成。由於有傳說在初建時，赤松德贊贊普急於想知道建成後的景象，於是蓮花生大師就從掌中變出了寺院的幻象，赤松德贊贊普看後不禁驚呼「桑耶」（意為「出乎意料」、「不可想像」），後來就把這一聲驚語作為了寺名。
10世紀後期，在吐蕃新興地方領主扶持下，佛教開始復興，並在11世紀中後期根據各自持有的教理和修持方法相繼出現了寧瑪、薩迦、噶舉、格魯、希解、覺宇、覺囊、郭紮、夏魯等數十個教派。其中影響較大的共有五個教派。
寧瑪派
形成於西元11世紀，是藏傳佛教形成最早的教派，以密宗修習為主，宣揚遵從先弘時期的法統，傳承並弘揚吐蕃時期所譯的密典為主的，奉蓮花生大師為祖師，依其所傳密咒和伏藏修習傳承。其教派僧人都戴紅帽，因而民間又將其稱為紅教。寧瑪派創始人是素.釋迦炯乃大師，建有鄔巴隆寺，康區寧瑪派代表寺院為噶陀寺和白玉寺。建于1899年的寧瑪派（紅教）寺廟絨布寺在珠穆朗瑪峰腳下，是世界上地理位置最高的寺廟。其傳承方式多為口傳心授，經典多為伏藏。教派最著名的寺院有多吉扎寺、敏珠林寺、噶陀寺等。
噶當派
創建於西元11世紀中期，奠基人為顯宗大師阿底峽尊者，主持熱振寺。曾經對藏傳佛教各派產生深遠影響。格魯派就是在噶當派基礎上建立起來的，原噶當派僧人和寺院相繼改宗格魯派後，該教派逐漸消失。噶當派正式創始人為阿底峽尊者的弟子仲敦巴尊者。仲敦巴有三個徒弟，一個不收學生，另兩個博多哇和京俄哇則廣收門徒，由此分出兩個教派，一個是教典派，一個是教授派，教典派以學習經典為主，教授派則偏重師傅指點，注重實修。博多哇在傳教時，從者數千，噶當派的名望和聲勢，是在博多哇傳教時期在衛藏地區發揚起來的。
但由於他們沒有掌握地方的行政權力，在政治上遠遠趕不上後來的薩迦派和格魯派。西元15世紀後，宗喀巴以噶當派為基礎創建格魯派，該派寺廟和信徒也先後改宗格魯派，噶當派不復單獨存在。
薩迦派
創始人昆.貢卻傑布大師於1073年在後藏薩迦地區建寺傳教，史稱薩迦派，又因寺院牆壁上塗有鮮豔的紅、白、灰三色條紋（代表觀音、文殊、金剛手菩薩），故稱“花教”。該派以修習“新密咒”為特點。薩迦五祖八思巴被元朝皇帝冊封為“國師”，在元朝的藏傳佛教中佔有統治地位。康定的塔公寺和玉樹的結古寺是康區的薩迦派代表寺院。西元1550年在四川德格更慶寺設立了藏區及其著名的德格印經院。
薩迦寺的寺名，據說是因為寺廟所在地的土質呈灰白色這個地理特徵所得。寺主始終由昆氏家族成員代代相傳。從貢卻傑的兒子貢噶甯布算起，到八思巴時的五代薩迦寺主，被尊稱為薩迦五祖。第四祖薩班貢噶堅贊是與蒙古王室建立政治聯繫的第一人，而五祖八思巴則是元朝的第一任帝師，被封為大寶法王。
噶舉派
西藏佛教教派中，就數噶舉派支系最多，勢力也比較大，直到格魯派掌握政權以後，噶舉派都是一個不能忽視的力量。噶舉，意為佛語傳承，注重佛法的口傳心授，所以稱噶舉。噶舉派一開始，就有兩個傳承，一個是由瑪爾巴、米拉日巴、塔布拉傑傳下來的塔布噶舉。塔布噶舉傳到後來形成了四大派八小派。四大派是噶瑪噶舉、蔡巴噶舉、拔戎噶舉、帕竹噶舉。其中帕竹噶舉最有影響。
噶瑪噶舉的影響也很大，明朝中央給該派首領以最高封號大寶法王，並頒賜紅帽和黑帽。其中黑帽派的主庭在楚布寺，其傳世一直到今天。他們的影響比較大，還有一個原因，就是活佛轉世制度由這個教派首創。
格魯派
西元十五世紀，黃教創始人宗喀巴大師出現了，宗喀巴大師是青海湟中人，早年赴藏學經，先後拜薩迦派、噶舉派高僧為師，博學多聞，日漸名聲高揚。1409年在拉薩大昭寺首創祈願大法會，將收授的大量財物修建了甘丹寺，使之成為格魯派的主庭，創建格魯派。因主張宗教改革，嚴格戒律，規定所有僧眾戴黃帽，以區別其他教派，因此又稱黃教。後來，他的弟子修建了哲蚌寺和沙拉寺、扎什倫布寺、塔爾寺、拉蔔楞寺，後合稱黃教六大寺院。